李自成回到襄阳后，便开始组建政权。当时有人向李自成劝进称王，牛金星认为不可，于是李自成改襄阳为襄京，设奉天倡义文武大元帅府，自任文武大元帅，并分设官职：
设丞相1人，由牛金星担任。下设吏、户、礼、兵、刑、工“六部”，分别由喻上猷(进士、原御史)、萧应坤(进士、原江西布政使)、杨永裕(进士、原钦天监博士)、李振声(进士、原巡按御史，李振声实际上未降，其职后由丘之陶接任)、邓岩忠(贡士)、姚锡胤任侍郎。
外官则设防御史、府尹、州牧、县令等职。李自成设官的地区，大致有南阳府、信阳府、汝宁府，湖广的承天府(改称扬武州)、荆州府、德安府(改称安陆府)、襄阳府等。后来李自成的势力又扩大到长江以南地区。
李自成同时对军队进行了整顿和改革。他把部队划分成两种：一是攻城略地的“五营”，一是镇守各地的地方军。
五营”设权将军二人，即田见秀、刘宗敏。田见秀负责提督诸营，刘宗敏则负责中权亲军。
除“五营”以外，李自成还建立一支分镇各地的守卫部队。他依据先守襄阳，次及承天、德安，再渐及汝宁的宗旨，设卫置帅，分驻各地。
在政权建设的同时，李自成用血腥手段清除异己，以独揽大权，建立起自己的绝对权威。
首当其冲的是曹操罗汝才、革里眼贺一龙。
曹操罗汝才是最早的陕北农民领袖之一，实力较强。在李自成陕西大败而躲入山中不敢露面时，罗汝才却与张献忠一起，正闹得红火。后因与张献忠合不来，罗汝才便与李自成合营，横扫河南，又下湖广，其贡献和实力并不比李自成逊色。李自成自封“奉天倡义营文武大元帅”时，也给罗汝才封了一个“代天抚民德威大将军”，但罗汝才无权向全军发布号令。
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