谍影五的剧情开始于华夏的港岛。
上一部影片中，艾伦从印尼逃离后，影片的结尾显示斯嘉丽以当时艾伦给她的那块表，换取了当地船民的帮助，两人也因此上船躲开了身后的追杀，离开了印尼。
之后他中情局的视中消声匿迹，隐藏了港岛这个亚洲的超级城市之中，借助他华人的面孔，港岛生活了下来。
而影片的开头，是伯恩与CIA的追逐中意外港岛碰上了归隐的艾伦。
互相身上的特工气息，让伯恩以为艾伦是中情局来找他的人，艾伦同样也以为伯恩是中情局派来找他的人，两人街头发生了短暂的交锋。
之后搞清楚状况后，伯恩就离开了，但是艾伦也因为伯恩，被中情局再次发现。
与此同时，上一部失利的任华团队，接到了新的命令。
伯恩港岛出现后就消失了，追杀伯恩的CIA团队认为，伯恩消失前与艾伦见过一面，那么艾伦一定知道什么，所以也同样盯上了艾伦。
两个CIA不同的团队，同一时间都汇聚到港岛，向艾伦张开了大网。
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